與傳統的探頭超聲波破碎儀，探頭與樣品直接接觸，一次只能處理一個樣品，實驗周期長；對于多個樣品，需要重復使用同一探頭，容易造成樣品交叉污染。由于每次探頭插入樣品的深度不用，每次超聲的能量分布也不盡相同，影響實驗結果的重復性和準確性。此外，由于不能采用封閉系統，在超聲過程中產生的氣霧或者泡沫會擴散到環境中，造成潛在的生物危險。

　　非接觸式超聲碎破儀對于水的要求，首先要潔凈，簡單說就是沒有雜質，這個時候很多同學就會想到直接用超純水，夠干凈。可惜干凈過頭了，超純水是去離子水，水中本該有的各種元素離子都被除去了，前面所提到的微觀爆炸力也就大打折扣了，所以一定要用潔凈的非去離子水。機器水槽里的水和樣品管里面的水都要遵循這一原則。

　　非接觸式超聲碎破儀采用在水槽底部安裝超聲波發生裝置的設計，傳統的探頭超聲波破碎儀，超聲波引起的微流動現象只能在靠近探頭的區域出現，超聲破碎儀在實驗過程中，樣品分別置于獨立的全密封離心管中，樣本之間不存在任何交叉污染，避免了氣霧的傳播，增強了實驗的生物安全性。